Comenzó sus estudios musicales de flauta en el Conservatorio de Jerez y posteriormente se trasladó a Madrid, donde estudió con Andrés Carrères, solista de la Orquesta Nacional de España (ONE). A lo largo de los años, Juan se ha consolidado como un referente musical dentro del panorama artístico, convirtiéndose en uno de los músicos más solicitados por figuras destacadas de la danza, como Antonio Canales, Lola Greco, Aida Gómez, Rojas & Rodríguez, María Juncal, Siudy Garrido, Joaquín Cortés y Rafael Amargo, entre otros.

Como compositor y músico, ha publicado varios álbumes y es autor del «Método de flamenco para instrumentos melódicos» y de los libros «Toca flamenco con Juan Parrilla».

Fue nominado a un Grammy Latino en el 2022 por la banda sonora del documental «Mis pies son mi voz», de la bailaora de flamenco Siudy Garrido.