Sean es un camaleón musical y se siente cómodo en cualquier contexto musical, independientemente del papel o el género. Se desenvuelve con la misma soltura como miembro de un conjunto que como líder de una banda. Sean convirtió una temporada de seis meses con la Jazz at Lincoln Center Orchestra en una oferta de Wynton Marsalis para ocupar un puesto fijo como trompetista principal, cargo que desempeñó desde el 2004 hasta el 2010.  

En 2015, Jones fue elegido para formar parte del SFJAZZ Collective. Durante este tiempo, Sean ha logrado mantener unido a un grupo de músicos de gran talento bajo su dirección, sentando así las bases de sus formaciones, que han producido y publicado ocho discos con el sello Mack Avenue Records; el más reciente es su álbum de 2017, *Sean Jones: Live from the Jazz Bistro*. 

Sean ha colaborado de forma destacada con numerosos artistas, grabando o actuando junto a muchas figuras destacadas del jazz, entre las que se incluyen Illinois Jacquet, Jimmy Heath, Frank Foster, Nancy Wilson, Dianne Reeves, Gerald Wilson y Marcus Miller. Sean fue seleccionado por Miller, Herbie Hancock y Wayne Shorter para su gira «Tribute to Miles» en el 2011. 

También ha actuado con las orquestas sinfónicas de Cleveland, Pittsburgh y Youngstown, así como con la Soulful Symphony de Baltimore y en un grupo de cámara en el Salt Bay Chamber Festival. Sean es además un educador reconocido internacionalmente. Fue nombrado titular de la Cátedra Richard y Elizabeth Case de Jazz en el Instituto Peabody de la Universidad John Hopkins, en Baltimore. Antes de llegar a Peabody, Sean ocupó el cargo de director del Departamento de Metales en el Berklee College of Music de Boston. Además, ejerce como director artístico de la NYO Jazz del Carnegie Hall.