Hisaishi ha compuesto la música de once películas del director Hayao Miyazaki, entre las que se incluyen «Mi vecino Totoro» y «El viaje de Chihiro», y sigue llevando esta música de gira por todo el mundo con su espectáculo «Joe Hisaishi Symphonic Concert: Música de las películas de Studio Ghibli de Hayao Miyazaki».

Su trayectoria cinematográfica abarca más de 80 películas japonesas y extranjeras. Sus obras han sido galardonadas con numerosos premios, entre los que se incluyen el Premio Annie, el Premio del Cine de Hong Kong, el Premio del Cine Asiático y varios Premios de la Academia de Cine de Japón al Mejor Límite Musical. En el 2001 debutó como director de cine con «Quartet», para la que también compuso la banda sonora. La película fue seleccionada oficialmente para la sección «World Competition» del Festival Internacional de Cine de Montreal.

Hisaishi es también un intérprete consumado, ya que ha ejercido como pianista solista y director de orquesta. Fue el primer músico japonés en dirigir en el Festival Internacional de Cine de Cannes, donde interpretó la banda sonora de *The General*, de Buster Keaton.

En julio del 2004, asumió el cargo de primer director musical de la recién creada World Dream Orchestra (W.D.O.) de la New Japan Philharmonic. A partir de septiembre de 2014, trabajó como productor y director de orquesta los conciertos «Joe Hisaishi presents MUSIC FUTURE», lo que le valió una enorme popularidad y dio lugar a un álbum en directo. En jul , dirigió una serie de conciertos llamada «Future Orchestra Classics» y lanzó una caja con la obra completa de las sinfonías de Beethoven, que fue galardonada con el Premio Especial en la 57.ª edición de los Premios de la Academia del Disco de Japón.

Hisaishi ha colaborado con una amplia variedad de artistas, entre los que se incluyen Philip Glass, David Lang y Mischa Maisky, así como con orquestas como la Sinfónica de Viena, la Filarmónica de Helsinki, la Sinfónica de Londres, la Sinfónica de Melbourne, la Sinfónica de Chicago y la Sinfónica de Toronto.

Hisaishi es profesor invitado en la Escuela Superior de Música de Kunitachi. En el 2009, recibió la Medalla de Honor con Cinta Púrpura del Gobierno de Japón. Del 2016 al 2018, ocupó el cargo de director artístico del Centro de Artes de la ciudad de Nagano. Es compositor residente y colaborador musical de la Nueva Filarmónica de Japón desde septiembre del 2020 y director de orquesta invitado principal director de orquesta Sinfónica Japan Century desde abril del 2021.

En abril del 2024 fue nombrado compositor asociado de la Royal Philharmonic Orchestra y, a partir de abril del 2025, será el director musical designado de la Japan Century Symphony Orchestra.